Mimosa

  • Dev-blogg vecka 10

    Dev-blogg vecka 10

    Allmänt

    • Klustret är i stora drag redo för den stora mikrobiella studie som startar i mars. 

    NGP Cluster

    • Lustre-filsystem nu tillgänglig som arbetsyta för arbetsnoderna på NGPc. Denna kan vid behov skalas upp manuellt både storleksmässigt och prestandamässigt i takt med att användningen av klustret ökar.

    Brainchild

    • Ny fabric-miljö för BrainChild uppsatt. Diskussioner kring datatransformationer i de olika lagren av lösningen fortsätter.

    Variant database portal

    • Fortsatt arbete med att förbättra funktionalitet gällande klassificering av varianter baserat på feedback från GMC-West.

    Bonsai & Mimosa

    • Integrationer av Bonsai & Mimosa har påbörjats.
    • Bonsai & Mimosa kommer att leva under Open Ondemand, bakom SITHS autentisering & auktorisering.
    • Kommande diskussioner med Bonsai-utvecklare och Mimosa-utvecklare, med start den 6 mars 2026, kommer att genomföras för att ta fram en plan för hur Bonsai och Mimosa kan införas under NGP.

    /Vilma C

  • Dev-blogg vecka 9

    Dev-blogg vecka 9

    Lansering av Informationsportalen

    Välkomna till Nationella genomikplattormens dev-blogg!

    I denna dev-blogg kommer vi att publicera information om vad som har arbetats aktivt med under veckans gång. Detta för att öka insikten i hur vårt arbete fortskrider.

    I och med detta blogginlägg publiceras Informationsportalen i sin helhet.

    Variantdatabasportalen, VDP

    Variantdatabasportalen (VDP) har visats upp för GMS-representanter i syfte att samla in feedback om förbättringar. Förhandsvisning kommer hållas med GMS Rare Disease-grupp inom snar framtid för vidare insamling av feedback.

    Funktionalitet för tolkade varianter i stor utsträckning färdig, med otolkade varianter som nästa stora steg.

    Utveckling av produktionsinstansen fortlöper parallellt.

    NGP Iris

    Ny version 5.6.2 lanserad som bland annat inkluderar grundläggande bucket-hantering från CLI samt ett tjusigare gränssnitt. Viss funktionalitet kring “delete” av objekt observeras inte fungera korrekt. En ny release som löser denna problematik är på ingång med är vid tillfället för detta inlägg inte ännu färdigt.

    Bugg-rapporter och förbättringsförslag tas tacksamt emot på NGPIris github-sida:
    https://github.com/genomic-medicine-sweden/NGPIris/issues

    Open OnDemand

    Arbete påbörjat där vi kikar på hur bonsai kan tänkas publiceras under Open OnDemands tak. Open OnDemand kan tänkas agera reverse proxy och hantera authentication med befintlig SITHS-inloggning. Access till bonsai, likt för många andra tjänster inom NGP, kommer kräva ett aktivt vårdmedarbetaruppdrag (VMU).

    Vidare diskussioner kommer föras med utvecklarna för Bonsai samt Mimosa.

    NGP Cluster

    Arbetet med att få klustret redo inför den mikrobiella studien som går igång i mars kan nu fortsätta efter att problemen kring Navops har lösts, där Navops låste sig och vägrade hämta prisinformation om Azures virtuella maskiner.

    En ny VM-serie till beräkningsklustret är på ingång som erbjuder större diskar för att möjliggöra nextflows och snakemakes “scratch”-direktiv för även de största proverna. Serien kallas Las_v4 och mer info hittas här:
    https://learn.microsoft.com/en-us/azure/virtual-machines/sizes/storage-optimized/lasv4-series

    Skarpa tester av Jasen fortsätter parallellt.

    Brainchild

    Initial dataöverföring från Barntumörbanken till NGPr påbörjad. Överföringshastigheten vid första test godkänd.

    Designmöten kring den nya lösningen där NGP integreras till stor del har hållits den senaste tiden. När representativ data når oss kan vi börja skissa på datatransformationer och indexering för att möjliggöra för frontend-lösningen att smidigt hämta relevant data.

    /Jens PW