NGPIris

  • Dev-blogg vecka 13

    Dev-blogg vecka 13

    Ny lagringslösning med Azure NetApp Files

    Vi har etablerat och driftsatt en ny lagringslösning baserad på Azure NetApp Files för NGPc-klustret. Detta ersätter den tidigare Lustre-baserade lagringen.

    Framsteg i Bonsai- och Mimosa-integrationerna

    Arbetet med Bonsai och Mimosa har fortsatt med fokus på både praktisk testning och strategiska vägval:

    • Mockdata har laddats upp och klustringar har genomförts framgångsrikt i både Bonsai och Mimosa.
    • Vi har haft en första intern diskussion kring nästa steg i integrationerna, där vi bland annat tittar på:
      • Hantering av större datamängder
      • Stöd för många samtidiga användare
      • Prioritering av uppladdningar och klustringar
      • Data persistence
      • Eventuell utbyte av MongoDB-databaserna
    • Insamlad feedback har skickats vidare till Bonsai- och Mimosa-teamen, och vi har påbörjat nästa runda av frågor och synpunkter.
    • Arbetet med att ladda upp JASEN-data till NGPr (HCP) har inletts, och vi har även börjat testa med verklig data.
    • Nästa steg är att boka ett gemensamt möte för att konkretisera vad som krävs för att få en MVP på plats inför studien. Fokus kommer ligga på:
      • När och var data ska laddas upp
      • Exakt vilken data Bonsai och Mimosa behöver från JASENs output

    Vidareutveckling av Variantdatabasportalen

    Utvecklingen av variantdatabasportalen (VDP) fortsätter inför GMS RD-gruppens månadsmöte i början av april. Arbetet har främst fokuserat på:

    • Förbättringar av befintlig funktionalitet
    • Buggfixar och stabilisering

    NGP IRIS – kommande release

    En ny version av NGP IRIS (v5.6.7) är under utveckling. Den kommer bland annat att introducera stöd för rekursiv uppladdning av mappar, vilket innebär att mappar som innehåller undermappar kan hanteras direkt vid uppladdning.

    // Erik B

  • Dev-blogg vecka 12

    Dev-blogg vecka 12

    Open OnDemand (OOD)

    Planering för en andra OOD instans med BankID-autentisering har inletts.

    Bonsai & Mimosa

    Arbetet med integrationerna för Bonsai- och Mimosa-integrationerna i NGPn under Open OnDemand-portalen (OOD) fortgår.

    Kodjusteringar i både Bonsai och Mimosa har krävts för att integrationen bakom OOD:s proxy ska fungera. Dessa justeringar, tillsammans med ett antal andra förslag, har samlats för att dela med utvecklarna.

    Under veckan har teamet även testat att importera mockdata till Bonsai respektive Mimosa. Förberedelser för att testa med riktigt data från JASEN har gjorts, och testning med denna data kommer att påbörjas nästa vecka.

    Variantdatabasportalen (VDP)

    Portalens utveckling går framåt.

    Teamet har under veckan jobbat på att implementera feedback från kliniker samt att åtgärda buggar som upptäcktes under veckan.

    Informationsportalen

    Arbete med sökmotoroptimering (SEO) har inletts.

    UI- och UX-feedback har samlats in och till viss del implementerats

    Kontakta oss-sidan har även förbättrats.

    /Johan C

  • Dev-blogg vecka 9

    Dev-blogg vecka 9

    Lansering av Informationsportalen

    Välkomna till Nationella genomikplattormens dev-blogg!

    I denna dev-blogg kommer vi att publicera information om vad som har arbetats aktivt med under veckans gång. Detta för att öka insikten i hur vårt arbete fortskrider.

    I och med detta blogginlägg publiceras Informationsportalen i sin helhet.

    Variantdatabasportalen, VDP

    Variantdatabasportalen (VDP) har visats upp för GMS-representanter i syfte att samla in feedback om förbättringar. Förhandsvisning kommer hållas med GMS Rare Disease-grupp inom snar framtid för vidare insamling av feedback.

    Funktionalitet för tolkade varianter i stor utsträckning färdig, med otolkade varianter som nästa stora steg.

    Utveckling av produktionsinstansen fortlöper parallellt.

    NGP Iris

    Ny version 5.6.2 lanserad som bland annat inkluderar grundläggande bucket-hantering från CLI samt ett tjusigare gränssnitt. Viss funktionalitet kring “delete” av objekt observeras inte fungera korrekt. En ny release som löser denna problematik är på ingång med är vid tillfället för detta inlägg inte ännu färdigt.

    Bugg-rapporter och förbättringsförslag tas tacksamt emot på NGPIris github-sida:
    https://github.com/genomic-medicine-sweden/NGPIris/issues

    Open OnDemand

    Arbete påbörjat där vi kikar på hur bonsai kan tänkas publiceras under Open OnDemands tak. Open OnDemand kan tänkas agera reverse proxy och hantera authentication med befintlig SITHS-inloggning. Access till bonsai, likt för många andra tjänster inom NGP, kommer kräva ett aktivt vårdmedarbetaruppdrag (VMU).

    Vidare diskussioner kommer föras med utvecklarna för Bonsai samt Mimosa.

    NGP Cluster

    Arbetet med att få klustret redo inför den mikrobiella studien som går igång i mars kan nu fortsätta efter att problemen kring Navops har lösts, där Navops låste sig och vägrade hämta prisinformation om Azures virtuella maskiner.

    En ny VM-serie till beräkningsklustret är på ingång som erbjuder större diskar för att möjliggöra nextflows och snakemakes “scratch”-direktiv för även de största proverna. Serien kallas Las_v4 och mer info hittas här:
    https://learn.microsoft.com/en-us/azure/virtual-machines/sizes/storage-optimized/lasv4-series

    Skarpa tester av Jasen fortsätter parallellt.

    Brainchild

    Initial dataöverföring från Barntumörbanken till NGPr påbörjad. Överföringshastigheten vid första test godkänd.

    Designmöten kring den nya lösningen där NGP integreras till stor del har hållits den senaste tiden. När representativ data når oss kan vi börja skissa på datatransformationer och indexering för att möjliggöra för frontend-lösningen att smidigt hämta relevant data.

    /Jens PW