Lansering av Informationsportalen
Välkomna till Nationella genomikplattormens dev-blogg!
I denna dev-blogg kommer vi att publicera information om vad som har arbetats aktivt med under veckans gång. Detta för att öka insikten i hur vårt arbete fortskrider.
I och med detta blogginlägg publiceras Informationsportalen i sin helhet.
Variantdatabasportalen, VDP
Variantdatabasportalen (VDP) har visats upp för GMS-representanter i syfte att samla in feedback om förbättringar. Förhandsvisning kommer hållas med GMS Rare Disease-grupp inom snar framtid för vidare insamling av feedback.
Funktionalitet för tolkade varianter i stor utsträckning färdig, med otolkade varianter som nästa stora steg.
Utveckling av produktionsinstansen fortlöper parallellt.
NGP Iris
Ny version 5.6.2 lanserad som bland annat inkluderar grundläggande bucket-hantering från CLI samt ett tjusigare gränssnitt. Viss funktionalitet kring “delete” av objekt observeras inte fungera korrekt. En ny release som löser denna problematik är på ingång med är vid tillfället för detta inlägg inte ännu färdigt.
Bugg-rapporter och förbättringsförslag tas tacksamt emot på NGPIris github-sida:
https://github.com/genomic-medicine-sweden/NGPIris/issues
Open OnDemand
Arbete påbörjat där vi kikar på hur bonsai kan tänkas publiceras under Open OnDemands tak. Open OnDemand kan tänkas agera reverse proxy och hantera authentication med befintlig SITHS-inloggning. Access till bonsai, likt för många andra tjänster inom NGP, kommer kräva ett aktivt vårdmedarbetaruppdrag (VMU).
Vidare diskussioner kommer föras med utvecklarna för Bonsai samt Mimosa.
NGP Cluster
Arbetet med att få klustret redo inför den mikrobiella studien som går igång i mars kan nu fortsätta efter att problemen kring Navops har lösts, där Navops låste sig och vägrade hämta prisinformation om Azures virtuella maskiner.
En ny VM-serie till beräkningsklustret är på ingång som erbjuder större diskar för att möjliggöra nextflows och snakemakes “scratch”-direktiv för även de största proverna. Serien kallas Las_v4 och mer info hittas här:
https://learn.microsoft.com/en-us/azure/virtual-machines/sizes/storage-optimized/lasv4-series
Skarpa tester av Jasen fortsätter parallellt.
Brainchild
Initial dataöverföring från Barntumörbanken till NGPr påbörjad. Överföringshastigheten vid första test godkänd.
Designmöten kring den nya lösningen där NGP integreras till stor del har hållits den senaste tiden. När representativ data når oss kan vi börja skissa på datatransformationer och indexering för att möjliggöra för frontend-lösningen att smidigt hämta relevant data.
/Jens PW