BrainChild
Vi jobbar på att få till en metodik för att kunna hantera skapande av användare till brainchild-portalen på ett smidigt sätt, med så lite manuell handpåläggning som möjligt. Vi behöver bland annat styra Authentication Methods som är möjliga för dessa användare.
NGPc
Mikrobiologi flaggskepp
Alla ~1500 MRSA prover har nu tagit sig igenom Jasen via orkestratorn. Vi märkte inte av några problem under tiden som proverna passerade igenom klustret.
Bonsai och dess modifikationer (också kallad “plåsterlösning” inom flaggskeppsprojektet) närmar sig färdigt och ska förhoppningsvis göras tillgänglig för en första skara användare inom kort. Exakt datum för detta ännu okänt. I korthet handlar lösningen om att dynamiskt hämta data utifrån ett HCI-index byggt på .json som Jasen producerar, så att man förhåller sig till kravet om att inte lagra data på disk längre än nödvändigt i molnmiljö.
GMC-flagg
Vi har tittat närmare på sätt att bättre hålla reda på under vilken flagg användare kör pipelines på klustret. Detta är nödvändigt för att kunna räkna ut total förbrukning resurser och således också kostnad. Det bör också kunna användas för att ev kontrollera rättigheter till datan inom grupper men detaljerna är i skrivande stund ej färdiga. För detta brukar vi grid engines så kallade “projekt”, men detta är bara en bit av kedjan där kostnaden behöver beräknas. Utöver ren VM-användning tillkommer också kostnad för nätverk samt lagring vilket också behöver sammanställas.
Ovan är också av relevans för de stunder där man t.ex. kör inom GMC-joint eller inom andra specifika projekt-grupper utöver de vanliga GMC-grupperna.
NGP-dagen
Vi har skissat färdigt på innehåll och agenda till NGP-dagen den 18e november. En inbjudan med agenda bör skickas ut relativt snart.
Förbättringar HCI
HCI:n är just nu i fokus av olika anledningar. Utöver att flertalet tjänster börjar närma sig “drift” och därför kommer börja använda HCI:n skarpt så görs förbättringar inom själva HCI:n i sig. Vi arbetar aktivt med att sätta upp användargrupper och tjänstkonton för att bättre kunna styra access till bakomliggande data för att kunna förhålla oss till de krav som ställs på oss och tjänster vad det gäller dataseparation. Samtidigt får vi hjälp av KSD att förbättra bakomliggande infrastruktur så pass att vi får bättre möjlighet att styra resursbruket av workflows och index vilket kommer behövas i takt med att fler och fler tjänster tas i bruk för att använda HCI:n skarpt.
Variantdatabasportalen
VDP:n närmar sig successivt driftsättning. Vi har migrerat över HCI-relaterade workflow och index från test-instansen till produktionsinstansen för vidare tester. Vi har identifierat problem i variantdatabasportalens HCI-workflow som tidigare har ställt till det med resursförbrukningen i bakgrunden just för variantdatabasportalen, vilket också har påverkat andra workflows. I och med denna förändring samt de tidigare nämnda HCI-optimeringarna bör allting flyta på mycket bättre.
/En trött Jens PW