BrainChild
- Vi har lagt till en ny funktion i BrainChild där användarna behöver godkänna villkoren för att få tillgång till portalen. Godkännandet sparas i 30 dagar, och om villkoren ändras behöver användarna godkänna dem på nytt.
- Fortsatt jobb med att få till backendlogik för cohort hantering och kunna koppla det till designen som redan är implementerad.
NGP Auth
Uppdatering av NGP-Auth (SITHS) Identity Provider inkluderande gallringsjobb som rensar bort inaktiva användare med en bestämd tid för att förhindra att databasen fylls upp av inaktiva användare.
NGPc
Vi har genomfört systemunderhåll.
NGP-dagen
Vi förbereder oss inför NGP dagen den 18 november.
Infoportalen
Uppdaterat design och texter, lagt till en sida för Iris.
Förbättringar HCI
Vi har sett över resursförbrukning av HCI01 och gjort ett antal optimeringar där. Vi har ökat på minnes och cpu-mängden överlag samt gjort en första runda optimeringar för de workflows som körs. Vi har även läst på och skaffat oss en bättre förståelse rent generellt för hur resurserna i bakgrunden brukas när workflows kör vilket möjliggör vidare optimeringar.
NGP Infra
- Arbetae i virtuell labbmiljö för att utforska containerteknik, systemövervakning och automatisering av infrastruktur.
- Experimenterat med bland annat Terraform, Podman, Grafana, InfluxDB och Telegraf, med fokus på att bygga ett mer automatiserat och reproducerbart arbetssätt för infrastruktur.
- Nästa steg är att utforska Ansible och Wazuh för att automatisera installation, konfiguration och logginsamling.
- Det långsiktiga målet är att kunna skapa och återskapa färdigkonfigurerade virtuella servrar med ett fåtal kommandon, utan omfattande manuell konfigurering.
Azure – Infrastructure as Code
- Undersökt möjligheten att använda Terraform för att exportera och återskapa befintlig VM-infrastruktur i Azure.
- Identifierat en möjlig metod som återstår att testa i en separat testmiljö.
- På sikt kan detta bidra till mer konsekvent VM-provisionering, enklare återskapande av infrastruktur och minskat manuellt arbete.
Bonsai
Vi testar för närvarande den modifierade Bonsai-lösningen i en stagingmiljö med mockdata, där NGPi och NGPr används för datalagring och indexering.
Data från GMS-mikros pilotprojekt har också indexerats och nästa steg är att verifiera dessa i stagingmiljön. Detta involverade en fix i själva processerings-pipelinen i HCI:n som tidigare resulterade i att flera fält i json med liknande namn slogs ihop till ett enda värde vilket minst sagt skapade problem för typningsresultatet. Det löstes relativt enkelt med en smartare filtrering som enbart plockade ut standard MLST av alla fält med namn “sequence_type”.
En kvarstående utmaning är begränsningarna kring vilken information som får lagras permanent i Azure. Vi har därför arbetat med att anpassa loggningen på samtliga nivåer för att säkerställa att känsliga uppgifter, såsom LIMS-ID, inte förekommer i loggarna.
/Aisha